En 1938, de jeunes et brillants physiciens juifs hongrois fuient l'Europe pour se réfugier aux États-Unis. Terrifiés à l'idée qu'Hitler, qui prépare alors l'Allemagne nazie à la guerre, puisse mettre au point une arme ultime, ils s'unissent dans une terrible course contre la montre pour concevoir puis construire - sous la direction de Robert Oppenheimer - la bombe atomique.


Alors que retentissent en Europe les cris des ghettos en flammes, Manhattan Project raconte les doutes de scientifiques profondément pacifistes et dessine une grande fresque : celle de l'humanité effrayée.