Teru est seul. Il parvient à atteindre Tokyo avec l'espoir de retrouver Ako saine et sauve. Mais la ville déserte ne lui renvoie que l'immensité du vide qui l'habite. Pourtant, sous terre, une radio fonctionne...

Coincés dans l'hôpital où ils doivent récupérer un vaccin pour Teru, Ako et Nimura sont poursuivis par la folie meurtrière des hommes de la ville. Des nuages noirs envahissent peu à peu le ciel pendant que Iwada lutte pour tenter de les retrouver et les sauver de ces hommes qui n'ont plus rien d'humain.

Teru et Ako ont poursuivi leur périple à travers un monde en ruine. Leur rencontre avec des militaires égarés s'est soldée par une profonde désillusion sur l'humanité. Ils échappent pourtant, grâce à l'un d'eux, aux tornades de feu qui ravagent une ville fantôme. Et c'est à bord d'un hélicoptère qu'ils vont contempler une réalité toujours plus terrifiante...

Les relations se dégradent entre Teru et Nobuo. Ce dernier sombre dans la fureur et la folie. Teru, lui, s'enfuit avec Ako alors que la terre tremble à nouveau. Ils trouvent enfin une issue qui les conduira à découvrir peu à peu ce que le monde et ses habitants sont devenus...

Une classe de jeunes Japonais rentre en train vers Tokyo lorsque, sous un tunnel, c'est l'accident. Teru, Nobuo et Ako échappent à la mort. Mais enterrés vivants, comment ne pas sombrer dans l'obscurité ?

Alors qu'ils sont emprisonnés dans un tunnel, sans issue apparente, les trois jeunes rescapés tentent d'échapper à la fin tragique à laquelle ils semblent destinés. Téru décide d'aller à la recherche d'un endroit permettant à la radio de capter les ondes. Nobuo, qui avait disparu depuis un moment, réapparaît et tombe sur Ako qui cherche désespérément de l'eau. Nobuo montre des signes inquiétants de schizophrénie et les conditions de survie s'annoncent de plus en plus difficiles à gérer.